Das Binnenland Uganda liegt im Osten des afrikanischen Kontinents, unmittelbar angrenzend an den Sudan im Norden, Kenia im Osten, Tansania und Ruanda im Süden und die Demokratische Republik Kongo im Westen . Die Hauptstadt Kampala liegt im Süden des Landes, unweit des Viktoriasees. Ugandas malerisches Terrain liegt zwischen dem zentralafrikanischen Grabenbruch und der ostafrikanischen Seenplatte und wird von einem Plateau definiert, das zwischen 1000 m und 1500 m über dem Meeresspiegel liegt.
Im Westen und Nordwesten fällt das Plateau in Richtung einer Seenkette ab, im Osten hingegen steigt es zum Bergmassiv des Mount Elgon auf über 4300 m ü Niveau. Auch erloschene Vulkane und Bergketten prägen den Südwesten des Landes. Auf der einen Seite die berühmten Virunga-Vulkane, auf der anderen Seite das Ruwenzori-Gebirge mit dem höchsten Punkt des Landes (5109 m über dem Meeresspiegel). Große Teile Südugandas werden vom Viktoriasee eingenommen, durch den auch der Äquator verläuft. Der See ist nicht nur der größte seiner Art auf dem afrikanischen Kontinent, sondern auch das drittgrößte Binnengewässer der Erde. Aus dem Viktoriasee entspringt der wichtigste Fluss des Landes, der Viktoria-Nil. Klimatisch hat Uganda (aufgrund der Höhenlage) tropische und teilweise gemäßigte Bedingungen: Bei ganzjährig hohen Temperaturen werden Niederschlagsmengen zwischen 700 und 1500 mm erreicht, wobei diese Menge nach Norden hin deutlich abnimmt.